Джон Шеппард — майор, позже подполковник ВВС США, военный командир на Атлантиде. В состав экспедиции попал случайно.
Шеппард прекрасный пилот вертолетов. Джон является естественным носителем гена технологической активации Древних, что позволяет ему с легкостью управлять их летательными аппаратами.
Во время спасательной операции на планету рейфов ему приходится убить своего командира — полковника Самнера. После данного похода все рейфы пробуждаются и начинается противостояние рейфов и земной экспедиции на Атлантиду.