Футбольный клуб «Бавария» основан в 1900 году жителем Берлина Францем Джоном и включал поначалу 18 членов – игроков команды. Первым успехом клуба было завоевание титула чемпиона Восточного региона в 1910 году.
Основные достижения «Баварии» за всю историю: 21-кратный чемпион Германии (1932, 1969, 1972, 1973, 1974, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1989, 1990, 1994, 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2005, 2006, 2008), 14-кратный обладатель Кубка Германии (1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005, 2006, 2008), 6-кратный обладатель Кубка Германской лиги (1997, 1998, 1999, 2000, 2004, 2007), 3-кратный обладатель Суперкубка Германии (1983, 1987, 1990), 4-кратный победитель Лиги чемпионов (1974, 1975, 1976, 2001), обладатель Кубка УЕФА 1996 года, обладатель Кубка обладателей кубков 1967 года, 2-кратный обладатель Межконтинентального Кубка (1976, 2001).
Известные игроки в истории клуба: Франц Рот, Франц Беккенбауэр, Герд Мюллер, Ули Хенесс, Пауль Брайтнер, Зепп Майер, Ханс-Георг Шварценбек, Дитер Хенесс, Карл-Хайнц Румменигге, Клаус Аугенталер, Роланд Вольфарт, Лотар Маттеус, Штефан Эффенберг, Оливер Кан, Мехмет Шолль, Карстен Янкер, Михаэль Баллак, Джованни Элбер, Зе Роберто, Франк Рибери, Лука Тони, Мирослав Клозе.
Тренеры, работавшие с командой: Златко Чайковский, Удо Латтек, Пал Чернаи, Юпп Хайнкесс, Эрих Риббек, Франц Беккенбауэр, Джованни Трапаттони, Отто Рехагель, Оттмар Хитцфельд, Феликс Магат, Юрген Клинсманн.