В сентябре 1909 года группа семинаристов, несогласная с позицией своего пастора, который отказывался включить футбол в программу спортивного кружка, организовала собственную футбольную команду.
Долгое время команда выступала в окружных лигах и только в 1936 году сумела добиться выхода в лигу Вестфалии. После Второй мировой войны клуб, как и все организации, связанные с правительством нацистской Германии, был распущен.
В 1947 году команда выиграла чемпионат Вестфалии. Шесть раз дортмундцы добивались победы в чемпионате Западной Оберлиги (1948, 1949, 1950, 1953, 1956, 1957 годы)
В 1956 году клуб впервые стал чемпионом Германии, а год спустя повторил этот успех.
В 1963 году «Боруссия» в третий раз выиграла чемпионат Германии.
В 1965 году команда завоевала Кубок Германии, а в 1966-м – Кубок обладателей кубков, обыграв в дополнительное время «Ливерпуль» со счетом 2:1.
В 1992 году «Боруссия» финишировала второй в бундеслиге, уступив первое место «Штутгарту» только по разнице мячей.
В 2002 году «Боруссия» под руководством Маттиаса Заммера в шестой раз выиграла чемпионат Германии, а также дошла до финала Кубка УЕФА, где уступила «Фейеноорду»2:3.
Команду тренировали: Оттмар Хитцфельд, Отто Рехагель, Маттиас Заммер, Невио Скала, Михаэль Скиббе.
В разные годы за «Боруссию» выступали: Торстен Фрингс, Томас Хесслер, Ян Коллер, Йенс Леманн, Андреас Меллер, Карл-Хайнц Ридле, Маттиас Заммер, Кристоф Метцельдер, Юрген Колер, Томаш Росицки, Стивен Пиенар, Эби Смолярек.
Самым принципиальным соперником «Боруссии» является «Шальке-04». Встречи этих команд проходят под названием «рурское дерби».