В 1880 году Анна Коннелл, дочь священника церкви в юго-восточном Манчестере, с помощью двух церковных старост учредила при храме футбольный клуб, получивший название «St. Marks (West Gordon)». Как и в случае созданного годом ранее церковного клуба по крикету, он должен был помочь справиться с разгулом насилия и пьянства в районе. В 1887 году клуб был переименован в «Ардвик» и под этим названием дебютировал в 1892 году в новообразованном втором английском дивизионе. Свое нынешнее название клуб получил 16 апреля 1894 после проведенной реорганизации клубной структуры.
В 1899 году «Сити» добился права играть в первом английском дивизионе, в 1904 – выиграл свой первый трофей, Кубок Англии. В 1906 году в результате расследования федерации выяснилось, что «горожане» превышают введенный лимит на зарплаты игрокам. В итоге «Манчестер Сити» заплатил штраф, а семнадцати игрокам команды, включая капитана Билли Мередита, было запрещено выступать за клуб.
Несмотря на сравнительно скромные спортивные успехи, «Манчестер Сити» обладает мощной поддержкой болельщиков, входя в шестерку по средней посещаемости среди всех английских клубов.
Традиционные цвета команды – белый и небесно-голубой. Эмблема команды создана на базе герба Манчестера; более того, в финалах крупных турниров используются специальные комплекты формы, где вместо эмблемы изображается герб города, что призвано символизировать гордость возможностью представлять Манчестер на футбольном поле.